Khoa Dược tổ chức đầy đủ hệ thống các bộ phận chức năng gồm: hệ thống kho, nghiệp vụ dược, dược lâm sàng - thông tin thuốc, thống kê dược, pha chế, hệ thống nhà thuốc bệnh viện.Bên cạnh vai trò là một khoa thực hiện chức năng hậu cần - cung ứng thuốc, Khoa Dược đã triển khai hoạt động Dược lâm sàng - Thông tin thuốc, chú trọng công tác cảnh giác dược hướng đến việc sử dụng thuốc an toàn, hợp lý, hiệu quả.